Die Haupttriebkraft der Verfolgung in Indonesien ist der "Islamische Extremismus". In geringerem Maß wirken sich auch "Religiöser Nationalismus" und "Organisierte Korruption" aus.
Islamischer Extremismus: In den meisten Fällen werden Christen nicht von der Regierung verfolgt, sondern von muslimischen Extremistengruppen. Sie fordern von der Regierung ein Vorgehen gegen Christen und andere religiöse Minderheiten und werden nicht selten selbst aktiv. Örtliche Behörden im ganzen Land tendieren dazu, diesem Druck nachzugeben, um die öffentliche Ordnung zu wahren. Die islamischen Extremistengruppen sind gut organisiert und mobilisieren immer wieder zahlreiche Menschen für ihr Anliegen. Diese Mobs finden in einem gewissen Maß sogar Unterstützung bei Polizei und Militär. Radikal-islamische Gruppen sind z.B. die "Hizbut-Tharir Indonesia", die "Islamische Verteidigungsfront" (FPI) und die "Islamische Front" (FUI). Diese Organisationen befürworten die Einführung der Scharia in einer strengen und exklusiven Auslegung und wollen damit auch die Verletzung der Rechte religiöser Minderheiten legitimieren. Universitäten sind als Brutstätten des radikalen Islam bekannt. Nicht nur Christen sind von den feindseligen Aktionen radikal-islamischer Gruppen betroffen, sondern auch muslimische Minderheiten wie die Ahmadis.
Religiöser Nationalismus: Obwohl Indonesien das größte muslimische Land der Welt ist, existiert dort eine große religiöse Vielfalt. So ist die Insel Bali größtenteils hinduistisch. Beschließt dort ein Hindu, Christ zu werden, wird er von Familie, Freunden und Nachbarn unter Druck gesetzt, zum Glauben der Väter zurückzukehren.
Organisierte Korruption: Indonesien gilt als eines der korruptesten Länder der Welt, obwohl Transparency International in den letzten Jahren eine Verbesserung festgestellt hat. Der neue Präsident sendete ein ermutigendes Signal, indem er alle Kandidaten für sein Kabinett vor ihrer Ernennung durch ein unabhängiges "Corruption Eradication Commitee" ("Komitee zur Ausmerzung von Korruption") prüfen ließ. Berichten zufolge sind sowohl Polizeibeamte als auch Mitglieder radikal-islamischer Gruppen in organisierte Kriminalität involviert. Minderheiten leiden besonders unter dieser Problematik, da sie in der Regel von der verbreiteten Vetternwirtschaft und dem Schutz einschlägiger Netzwerke ausgeschlossen sind und dadurch leicht zu Opfern werden. Dies trifft auch auf die christliche Minderheit zu, umso mehr, wenn sie diese Zustände anprangert.
