Die Hauptquelle für Verfolgung in Somalia ist islamischer Extremismus. Somalische Christen sind entweder ehemalige Muslime oder gehören zu den (sehr wenigen) ausländischen Entwicklungshelfern. In der jüngeren Geschichte des Landes wurden Christen muslimischer Herkunft bei ihrer Entdeckung oftmals auf der Stelle getötet. Häufig genügte der bloße Verdacht, um die entsprechende Person zu "identifizieren" und zu eliminieren. Entwicklungshelfer bedurften aus Angst vor Entführungen besonderen Schutzes, gleichgültig ob sie Christen waren oder nicht. Terrorgruppen wie die Al Shabaab stellten sowohl für sie als auch für die breite Masse der islamisch geprägten Bevölkerung eine Bedrohung dar.
Islamische Extremisten agieren in einer von alten Stammesrivalitäten geprägten Umgebung: Somalia wurde viele Jahre lang von unterschiedlichen Clans mit ihren eigenen Milizen regiert. Zusammen mit der herrschenden systematischen Korruption erzeugt dies ein allgemeines Klima der Gewalt und Gesetzlosigkeit.
